在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

研发最终

1、从光敏培养计划肿瘤细胞中导入DNA热塑胆固醇质

想要隔离光热塑淀粉酶质-DNA软型物在LC-MS具体分享，原作者联合开发打了个种退行纯化措施，可从DNA中去如果不是热塑淀粉酶质，仅在射进来的角时确认一直染料体组遇到聚集DNA热塑淀粉酶质。用TRIZOL我们要除染料质并我们要除入狱获的非热塑淀粉酶，接着将其立即充分均匀溶解以实施RNase助消化不好。确认多普勒彩超削切所获资金淀粉酶质热塑DNA的我们要除物，在硫氰酸胍中烧开退行，并在二被氧化硅离心式柱上猛烈清洗以去如果不是热塑淀粉酶质难寻进行。确认核酸酶补救从DNA中释放出来光热塑淀粉酶，并实施胰淀粉酶酶助消化不好在LC-MS具体分享。该的方式被命名为淀粉酶质热塑DNA我们要除或XDNAX。

图1.淀粉酶质化学交联DNA分离出或XDNAX工艺流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随便触碰DNA的蛋清质图谱

将光交连方法步骤用于MCF7血细胞膜，看到了1,805种得票数球血清，进来1,191种会出现于3个或许多次再次中。60%的DNA间接的功效组含带核酸结合在一起起来的GO标注，在贫乏核酸结合在一起起来标注的球血清质中，最大化的贡献率源自核纤层球血清，次之是通过染料质公司和血细胞膜分裂主义的球血清质（图2）。

图2 . 可会直接碰触 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总结报告了DNA互为效用组所暗含的淀粉酶酶酶质-DNA画质简述包涵的核苷酸化学交联肽。这包涵因为（1）球状DNA融合架构域、（2）DNA 融合混乱区（IDR）和（3）因为与另一淀粉酶酶酶质（举个例子组淀粉酶酶酶融合淀粉酶酶酶）、RNA（举个例子剪接指数）或相剥离区室（举个例子核仁淀粉酶酶酶）互为效用而导致的条件比较敏感。

图3 . 可间接打交道 DNA的型式域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量人体细胞扰动期間与DNA整合的转录分子

雌的刺性激素感觉α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，到最近碰到其配体，触及易位到组织核，在处它与基因遗传组中的相应区域中结合实际以启用相应的转录应用程序。将血清饥饿的MCF7组织曝露于高使用量雌的刺性激素（10 nM 17β-雌二醇）4两分种，与仿真进行处理的對照组织比想一想的DNA完美目的组（图4A）。至少，雌的刺性激素促进后DNA完美目的组中的ESR1加入了30倍（图4B）。另一方面就，在1,814个一定量的淀粉酶质-DNA完美目的中，约有9%提示出高出2倍的更为明显变动，并观察植物到与ESR1享有完美目的的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌女性激素治理乳房癌細胞 DNA 彼此之间帮助组的降钙素原检测较好（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

实验进来什么是着色体组的血清酶酶质以询问它是如此被读取数据并付诸实训的，一种是教学科研者某个长期性的认为。什么是着色体组可及性主要以DNA为机构的视场角去实验，但是，到当前说不定，着色质抑菌凝胶中的的血清酶酶质与DNA 的发生物理上的上下级角色尚不非常清楚。采用零离光热塑，可发掘DNA上下级角色组中的大多都数血清酶酶质，XDNAX工艺将有所作为血清酶酶质-DNA上下级角色实验的更强方法。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、呈现组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

参考使用文献资料：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.