上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已现示出常见的生态学灵活性，以及抗癌肿和抗病力毒角色。大部分，三萜是借助甲羟戊酸行业转化成的，并从非人工作物和念珠菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊登了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的论述分析文献。该论述分析会发现三萜类有机物野生灵芝粉酸（GA）是经由溶液的培养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转换形成的。利用转录组和球胆固醇组学的技術进第一步科学探索无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT形成不同野生野生灵芝酸（GA）的共识机制，并选择多个学的技術检查到的差距染色体和差距球蛋白质，猜测DHT 生态学合成视频 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和性能区分

能够对无柄虫草念珠菌菌丝体开展转录组测序共得到了67230个转录本和14296个单什么是遗传遗传基因。在这样单什么是遗传遗传基因中，49两个被司法鉴定为的差异展示什么是遗传遗传基因（DEGs），中仅213个展示上涨，279个展示再降（图1A）。GO丰度研究后，DEGs氛围海洋生物工作（BP）、神经元部分（CC）和氧分子特点（MF）3类。在BP类型中，出現了前几个子类型：四环素降解排泄工作，醋酸钠盐排泄工作和甲酸盐排泄工作;而在CC类型中，神经元外区、突触包覆体、突触结构的是前几个亚类。针对于MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）特异性、脱色备份酶特异性和酸氨（或酰胺）链接酶特异性是前几个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG径路研究中，前30条丰度度最快的径路含有27条是指排泄，中仅甲烷气体排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄讯号径路有明显丰度（图1D）。

图1|转录成分析和效果等级分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

直接参与对无柄虫草细菌菌丝体直接参与球脂肪酸组学分享一下，共计来确定了16,457种特点肽、2606种球脂肪酸和2588种一定量球脂肪酸。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的筛分能力下，你在2606种球脂肪酸中，94种被鉴定结论为异同展示球血清（DEPs），在当中52种调涨，42种上涨（图2A），图2C表明了异同展示球血清的聚类分享分享一下热图。从GO分享一下去看，BP等级分类表明，绝大普遍数DEPs直接参与乙酸盐新陈拆分操作整个方式、四环素实施拆分新陈拆分操作整个方式和性药物实施拆分新陈拆分操作整个方式。CC类DEPs在组织肿瘤細胞膜外区、过空气氮化合物酶体和微体中占有率极高，空气阳极氧化完美重现酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的百分比极高（图2B）。与转录组的结果同类，KEGG环路分享一下表明，很多的DEPs在新陈拆分中生物体技术含有，在当中3条最生物体技术含有的路径是光合生物体技术中的碳固定的、碳新陈拆分和MAPK数字信号环路（图2D）。不但，直接参与分享一下GO数值库的CC对DEPs直接参与亚组织肿瘤細胞膜产品定位分享一下和引用（图2E），DEPs重点地理分布在组织肿瘤細胞膜质（40.66%）、组织肿瘤細胞膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生物体技术聚合的重点定位。

图2|蛋清质组的一定量定量分析和系统认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物还原成和较组侯选人DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个距离表达爱方式什么是遗传染色体（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组共要的DEGs/DEPs确定聚类数据研究法数据研究，挖掘mRNA和血清质区间内有17个调涨什么是遗传染色体和7个下跌什么是遗传染色体，DEGs与之汉语翻译的DEPs表达爱方式技术水平呈正关联联，由于Pearson的关联联弹性系数数据研究，在转录组和血清质组区间内检则到对比较高的关联联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）论文检测结局显视，E组和C组18个DEGs的呈现出品质性别差异可观，在这当中9个为上涨DEGs，俩个为下跌DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的呈现出趋势分析与转录酚类化合物析结局不对。

图3|蛋白质组的定量浅析浅析和用途效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

拜谱生物:「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）