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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > 网络信息药学学体现草酸钙肾结石阳极氧化应激反应和感染损害系统

网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿平台里典型的传染性疾病的一个。肾公司中CaOx晶状体过过剩火成岩会引起肾小管上皮细胞直接损伤和凋亡,于是引起肾结石的出现。短链多余碳水化合物酸由消化道内活性污泥螨虫面团发酵伙食仟维带来,不但在不规则消化道第一道防线中树立效用,且在平台平行上也树立关键点效用。在当中,丁酸是最充足的短链多余碳水化合物酸,还具有抗感染和免役抑止效用,本浅议浅议丁酸对CaOx肾结石的效用简述暗藏靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院门诊泌尿美容外科吴忠硕士生生导师、周子健硕士生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠老师、周子健医学博士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物工程与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网咯药理学学服务保障,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

文章标题英文名称:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 业主企业:华山医院门诊 研究方案另一半:大鼠、HK-2体细胞 分成小组短信:對照组(Con)、绘图组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱作为技术设备:数据网络临床药理学的检测

方法方法图

探讨结果显示

探析员工一开始营造大鼠类别,能够生理问题生物化因素和组织开展疾病学染料等探析措施遇到丁酸需要缩减CaOx类别大鼠肾CaOx单晶体的达成和拉伤,持续改善CaOx类别大鼠的发炎拉伤和硫化物资的神经太过紧绷表达出来。前者,丁酸还可可以抑制草酸分析的HK-2細胞拉伤、硫化应激性和細胞凋亡。 为探讨丁酸形式和靶表观遗传遗传组组在线,研究探讨成员从PubChem调用丁酸和丁酸酯的二维和立体形式(图1A)。能够PharmMapper数值库和Uniprot数值库正确处理后共建立出119个丁酸靶表观遗传遗传组组供进三步探讨。将表观遗传遗传组组汇总使用STRING数值库,开展PPI在线探讨。Cytoscape做出了编排的前20的联络线靶表观遗传遗传组组的简要在线图,涉及CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。这联络线表观遗传遗传组组与在线中的一些表观遗传遗传组组均关键表现出必然的关联性,详细说明这表观遗传遗传组组几率推动着协同工作效应。GO和KEGG探讨证明了丁酸联络线表观遗传遗传组组的关联路线和生理学学特点(图1C)。联络线表观遗传遗传组组关键与类固醇生长激素药回应、空气腐蚀应激性影响回应、抗逆性氧细胞膜对类固醇生长激素药促进的影响及对含酸性生态学东西的影响关于。综上所写所写,这联络线表观遗传遗传组组关键进行了空气腐蚀应激性影响和对抗逆性氧的生理学影响时候,是肾结石型成规则中至关决定性的路线,这是因为丁酸几率在肾结石中推动决定性效应。

图1| 丁酸组成部分与靶什么是基因无线网络解析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进几步经历丁酸对CaOx肾结石确凿切靶遗传人类dna组,探究工作工作员利于GEO统计动态数据表对GSE73680中的健康对应与CaOx肾结石病号的遗传人类dna组距离判断了探究。对应组与CaOx结石病号的有效性距离理解遗传人类dna组(DEGs)dna检测原则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共建立到3783个遗传人类dna组发生的有效的变化,另外3379个(89.4%)遗传人类dna组理解上涨,404个(10.6%)遗传人类dna组理解下降(图2A)。对DEGs判断聚类分析法算法讲解,热图显现了前10个被选中DEGs的二维分出层次聚类分析法算法有特点(图2B)。陆陆续续,探究工作工作员展开GeneCards统计动态数据表人工客服评定了370个能够与CaOx肾结石涉及到的遗传人类dna组,斩获前20位的预侧遗传人类dna组基本涉及到性评判如同2C随时。要为找出丁酸缓解CaOx肾结石的根本靶点,探究工作工作员将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石涉及到遗传人类dna组办理能够了了个Venn图。终极,CYP2C9被判断为丁酸反应CaOx肾结石的隐藏靶点(图2D)。然而,探究工作工作员还判断了丁酸与CYP2C9的分子式对接的,CYP2C9的以下三个安基酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸彼此之间功效,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在灵活运用网站药理学学予测CYP2C9是丁酸干扰CaOx肾结石的靶基因遗传后,探讨师还实现癌癌细胞实验操作否认了CYP2C9可降草酸介导的HK-2癌癌细胞的ROS层次、支原体感染伤害和凋亡。

图2| 大多据库联手浅析予测CYP2C9是丁酸做用于CaOx肾结石的靶DNA

的研究然而

本调查最先挖掘丁酸在身体之外和身体里均能仰制CaOx肾结石模式化的钝化应激反应性和慢性感染会影响,随着在系统药学学建立能够 丁酸会影响CaOx肾结石的自身靶点——CYP2C9,之后在神经元试验灵魂存在CYP2C9在草酸盐成脂的HK-2神经元ROS平均水平、慢性感染会影响和凋亡。以下挖掘揭示丁酸应该在仰制CYP2C9来仰制CaOx肾结石的钝化应激反应性,改善慢性感染会影响。这些方式中拜谱微生物工程供应了系统药学学高技木精准服务于,虽然拜谱微生物工程可延长稳重逐步完善的DNA组学、血清质组学、排泄组学等两组学护肤品及高技木精准服务于,诚邀呼叫在线咨询! 符合期刊论文:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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